Rishee Kalaria

Diferentes estirpes de Pseudomonas syringae est o a afetar um grande n mero de plantas em todo o mundo. No entanto, era ainda necess rio identificar potenciais compostos bioactivos que reagissem com Pseudomonas syringae e mostrassem atividade antimicrobiana. Os compostos de diferentes fontes vegetais, anteriormente conhecidos por terem propriedades antibacterianas, foram virtualmente analisados para identificar medicamentos naturais sem efeitos secund rios. O acoplamento molecular identificou vinte compostos potenciais (Procianidina B2, Nimolicinol, Rutina, Xantofila, Withanolide, Hiper sido, Astragalina, Nimbaflavona, Tiplasinina, Crisofanol, Emodina, Per xido de 9,11-Dehidroergosterol, Per xido de Ergosterol, Hematoxilina, cido El gico, Liquiritina, Azadiradiona, Meldenina, Vilasinina, Bergenina) que se verificou terem uma liga o perfeita com a prote na HrcQB da bact ria Pseudomonas syringae. Os resultados mostram que a Procianidina B2 tem uma afinidade de liga o mais elevada de -7,1, em segundo lugar est o Nimolicinol com uma afinidade de liga o de -6,9 e depois a Rutina e a Xantofila com uma afinidade de liga o de -6,7.

Diversi ceppi di Pseudomonas syringae colpiscono un gran numero di piante in tutto il mondo. Tuttavia, era necessario identificare potenziali composti bioattivi che reagissero con lo Pseudomonas syringae mostrando attivit antimicrobica. I composti provenienti da diverse fonti vegetali, precedentemente noti per le loro propriet antibatteriche, sono stati sottoposti a screening virtuale per identificare farmaci naturali privi di effetti collaterali. Il docking molecolare ha identificato venti potenziali composti (Procianidina B2, Nimolicinolo, Rutina, Xantofilla, Withanolide, Iperoside, Astragalina, Nimbaflavone, Tiplasina, Crisofanolo, Emodin, 9,11-Deidroergosterolo perossido, Perossido di Ergosterolo, Ematossilina, Acido Ellagico, Liquiritina, Azadiradione, Meldenina, Vilasinina, Bergenina) risultato avere un legame perfetto con la proteina HrcQB del batterio Pseudomonas syringae. I risultati mostrano che la Procianidina B2 ha un'affinit di legame pi alta di -7,1, il secondo il Nimolicinolo con affinit di legame di -6,9 e poi la Rutina e la Xantofilla con affinit di legame di -6,7. Il potenziale dei composti bioattivi contro il batterio Pseudomonas syringae stato messo in evidenza attraverso questo studio.

Diff rentes souches de Pseudomonas syringae affectent un grand nombre de plantes dans le monde. Mais il est toujours n cessaire d'identifier des compos s bioactifs potentiels qui r agissent avec Pseudomonas syringae en montrant une activit antimicrobienne. Les compos s provenant de diff rentes sources v g tales, pr c demment connus pour leurs propri t s antibact riennes, ont fait l'objet d'un criblage virtuel afin d'identifier des m dicaments naturels sans effets secondaires. Le docking mol culaire a permis d'identifier vingt compos s potentiels (Procyanidine B2, Nimolicinol, Rutine, Xanthophylle, Withanolide, Hyperoside, Astragaline, Nimbaflavone, Tiplasinin, Chrysophanol, Emodin, 9,11-Dehydroergosterol peroxide, Peroxyde d'ergost rol, h matoxyline, acide ellagique, liquiritine, azadiradione, meld nine, vilasinine, berg nine) se sont av r s parfaitement li s la prot ine HrcQB de la bact rie Pseudomonas syringae. Les r sultats montrent que la procyanidine B2 a une affinit de liaison la plus lev e de -7,1, suivie du nimolicinol avec une affinit de liaison de -6,9, puis de la rutine et de la xanthophylle avec une affinit de liaison de -6,7.

Verschiedene St mme von Pseudomonas syringae befallen weltweit eine gro e Anzahl von Pflanzen. Dennoch bestand die Notwendigkeit, potenzielle bioaktive Verbindungen zu identifizieren, die mit Pseudomonas syringae reagieren und antimikrobielle Aktivit t zeigen. Die Verbindungen aus 14 verschiedenen pflanzlichen Quellen, von denen bereits bekannt war, dass sie antibakterielle Eigenschaften haben, wurden virtuell gescreent, um nebenwirkungsfreie nat rliche Arzneimittel zu identifizieren. Durch molekulares Docking wurden zwanzig potenzielle Verbindungen identifiziert (Procyanidin B2, Nimolicinol, Rutin, Xanthophyll, Withanolide, Hyperoside, Astragalin, Nimbaflavone, Tiplasinin, Chrysophanol, Emodin, 9,11-Dehydroergosterolperoxid, Ergosterolperoxid, H matoxylin, Ellags ure, Liquiritin, Azadiradion, Meldenin, Vilasinin, Bergenin) eine perfekte Bindung mit dem berichteten HrcQB-Protein von Pseudomonas syringae-Bakterien gefunden. Die Ergebnisse zeigen, dass Procyanidin B2 die h chste Bindungsaffinit t von -7,1 hat, an zweiter Stelle steht Nimolicinol mit einer Bindungsaffinit t von -6,9 und dann Rutin und Xanthophyll mit einer Bindungsaffinit t von -6,7.

Neste trabalho, adoptada a abordagem in silico para a identifica o e caracteriza o de miRNAs conservados em etiquetas de sequ ncia expressas em lentilha (ESTs). Para a identifica o de novos miRNAs em lentilha . EST sequ ncias foram pesquisadas para homologia contra conhecidos miRNAs maduros do reino vegetal Viridiplantae in atrav s de BLASTN on-line. A identifica o computacional baseada em compara o-gen mica resultou em 12 potenciais candidatos a miRNA pertencentes a 12 fam lias diferentes de miRNA em lentilha. Finalmente, utilizando os potenciais miRNA do alho, foi previsto um total de 25 genes alvo e as suas prov veis fun es foram ilustradas. A maioria dos genes alvo do miRNA da lentilha que parecem codificar o crescimento, desenvolvimento, metabolismo e resposta ao stress, resist ncias a doen as, etc. Num futuro pr ximo, uma melhor compreens o dos mecanismos moleculares do miRNA em lentilha pode ajudar no desenvolvimento de uma t cnica nova e precisa para compreender algum mecanismo de silenciamento de genes p s-transcripcionais em resposta toler ncia ao stress.

Dans ce travail, l'approche in silico pour l'identification et la caract risation des miRNAs conserv s dans les tiquettes de s quence exprim e (ESTs) de lentille est adopt e. Pour l'identification de nouveaux miRNAs dans la lentille, les s quences EST ont t recherch es pour l'homologie avec les miRNAs matures connus du royaume v g tal Viridiplantae en utilisant BLASTN en ligne. L'identification computationnelle bas e sur la g nomique comparative a donn lieu 12 candidats miRNA potentiels appartenant 12 familles miRNA diff rentes dans la lentille. Enfin, en utilisant les miRNA potentiels de la lentille, un total de 25 g nes cibles ont t pr dits et leurs fonctions probables ont t illustr es. La plupart des g nes cibles des miARN de la lentille semblent coder pour la croissance, le d veloppement, le m tabolisme et la r ponse au stress, la r sistance aux maladies, etc. Dans un avenir proche, une meilleure compr hension des m canismes mol culaires des miARN dans la plante de lentille pourrait aider au d veloppement d'une technique nouvelle et pr cise pour comprendre certains m canismes de silen age post-transcriptionnel des g nes en r ponse la tol rance au stress.

In dieser Arbeit wird der In-silico-Ansatz zur Identifizierung und Charakterisierung von konservierten miRNAs in Linsen-Expressed-Sequence-Tags (ESTs) angewandt. Zur Identifizierung neuartiger miRNAs in Linsen wurden EST-Sequenzen auf Homologie mit bekannten reifen miRNAs aus dem Pflanzenreich Viridiplantae mittels Online-BLASTN durchsucht. Eine auf vergleichender Genomik basierende computergest tzte Identifizierung ergab 12 potenzielle miRNA-Kandidaten, die zu 12 verschiedenen miRNA-Familien in Linsen geh ren. Schlie lich wurden anhand der potenziellen miRNAs von Knoblauch insgesamt 25 Zielgene vorhergesagt und ihre wahrscheinlichen Funktionen dargestellt. Die meisten der miRNA-Zielgene in Linsen scheinen f r Wachstum, Entwicklung, Stoffwechsel und Stressreaktion, Krankheitsresistenzen usw. zu kodieren. In naher Zukunft k nnte ein besseres Verst ndnis der molekularen Mechanismen von miRNAs in Linsenpflanzen zur Entwicklung neuartiger und pr ziser Techniken beitragen, um einige posttranskriptionelle Gen-Silencing-Mechanismen als Reaktion auf Stresstoleranz zu verstehen.

In questo lavoro, stato adottato un approccio in silico per l'identificazione e la caratterizzazione dei miRNA conservati nei tag di sequenza espressa (EST) della lenticchia. Per l'identificazione di nuovi miRNA nella lenticchia, le sequenze EST sono state ricercate per omologia rispetto ai miRNA maturi noti del regno vegetale Viridiplantae tramite BLASTN online. L'identificazione computazionale basata sulla genomica comparativa ha permesso di individuare 12 potenziali candidati miRNA appartenenti a 12 diverse famiglie di miRNA nella lenticchia. Infine, utilizzando i potenziali miRNA dell'aglio, sono stati predetti 25 geni bersaglio e sono state illustrate le loro probabili funzioni. La maggior parte dei geni bersaglio dei miRNA della lenticchia sembra codificare la crescita, lo sviluppo, il metabolismo e la risposta allo stress, la resistenza alle malattie, ecc. In un prossimo futuro, una migliore comprensione dei meccanismi molecolari dei miRNA nella pianta di lenticchia potrebbe aiutare a sviluppare tecniche nuove e precise per comprendere alcuni meccanismi di silenziamento genico post-trascrizionale in risposta alla tolleranza agli stress.